Także na terenie Generalnego Gubernatorstwa Niemcy prowadzili politykę zmierzającą do wyniszczenia ludności polskiej. Miały miejsce liczne przesiedlenia i deportacje. Do końca 1944 r. na roboty przymusowe do Niemiec wywieziono ok. 2 min osób. Codziennością były także egzekucje uliczne osób przypadkowo schwytanych w łapankach oraz tzw. zakładników (w ramach odwetu za akcje polskiego ruchu oporu). Zastraszeniu społeczeństwa służyły masowe egzekucje (w samej "akcji pacyfikacyjnej" zwanej AB-Aktion w okresie V-VIII 1940 r. zginęło około 3500 osób, rozstrzelanych m.in. w Palmirach koło Warszawy). Planowe działania skierowano zwłaszcza przeciw inteligencji i duchowieństwu. Podczas licznych pacyfikacji wsi wymordowano ok. 19 tyś. osób. Masowych mordów dokonywano także podczas tłumienia powstania warszawskiego w 1944 r. W ramach prześladowań ludność cywilną umieszczano w obozach koncentracyjnych, ograniczano także ilość żywności reglamentowanej w ramach systemu kartkowego, co prowadziło do niedożywienia i chorób.