Druga faza obejmowała okres od 24IX-6 X. W tym czasie |B miało miejsce wycofywanie armii radzieckiej zgodnie z nową granicą radziecko-niemiecką na podstawie układu o przyjaźni i granicy 28 IX. ZSRR zrezygnował z Lubelszczyzny, Suwalszczyzny i części Mazowsza w zamian za Litwę. Nieliczne i słabe oddziały polskie znajdujące się na tych obszarach stawiały opór, lecz nie były w stanie powstrzymać marszu Armii Czerwonej na zachód. Szczególnie ciężkie walki toczyły się o Wilno i Grodno z Grupą gen. Mariana Przewłockiego, a następnie z cofającymi się oddziałami Samodzielnej Grupy Operacyjnej "Polesie" gen. Franciszka Kleeberga : Zgrupowaniem Korpusu Ochrony Pogranicza pod Jabłonią, Parczewem, Szackiem i Wytycznem oraz Grupą Operacyjną Kawalerii gen. Władysława Andersa. Cechą charakterystyczną tego okresu było uroczyste przekazywanie przez niemieckie wojska 4. i 14. armii poszczególnych miast i twierdz polskich jednostkom Armii Czerwonej.